La tradición de la enseñanza de la Fisicoquímica y de las Técnicas Instrumentales en la Facultad de Farmacia se remonta a la antigua asignatura de Instrumentos y Aparatos de Física de aplicación a la Farmacia, que figuraba en el plan de estudios de 1886 y se impartía en la Cátedra de Técnica Física, posteriormente de Técnica Física y Fisicoquímica. Esta cátedra fue el germen del Departamento de Fisicoquímica Farmacéutica establecido en 1974.
Más tarde, la Ley de Reforma Universitaria, en 1983, impuso la existencia de un único Departamento por Universidad y área de conocimiento, lo que resultó en la constitución del Departamento de Química Física con sede compartida en las Facultades de Farmacia y de Ciencias. El actual Departamento de Fisicoquímica, surge en el año 2011 tras la creación de la Fisicoquímica como área propia de la Universidad de Granada.